Günther Gerisch absolvierte sein Studium der Biologie an der Freien Universität in West-Berlin, an der Universität Göttingen sowie an der Universität Tübingen. Er promovierte anschliessend am Max-Planck-Institut für Biologie in Tübingen bei Wolfhard Weidel im Fachbereich Zellbiologie und begann 1961 als Assistant Professor für Zoologie an der Universität Freiburg im Breisgau zu forschen und lehren. 1969 ging Gerisch als Juniorgruppenleiter ans Friedrich-Miescher-Laboratorium der Max-Planck-Gesellschaft in Tübingen, bevor er 1975 als Gastprofessor für Zellbiologie ans Biozentrum der Universität Basel berufen wurde, wo er sich gemeinsam mit seinem Team der Erforschung der Zelloberfläche und deren Veränderung während der Zellentwicklung widmete. 1979 ging Gerisch ans Max-Planck-Institut für Biochemie in Martinsried, wo er Leiter des Departments Zellbiologie und Direktor am Institut wurde. Dort konzentrierte sich die Arbeit auf Dynamik und Funktion des Cytoskeletts. Auch nach seiner Emeritierung 1999 ist Günther Gerisch weiter in der Forschung aktiv und leitet seither die Arbeitsgruppe Zelldynamik.