Jürgen Engel arbeitete zwischen 1972 und 2004 in der Abteilung für Biophysikalische Chemie des Biozentrums auf dem Gebiet der extrazellulären Matrix (ECM). Er untersuchte die Funktionen, Struktur und Dynamik von Kollagenen, Lamininen und anderer ECM-Proteine. Engel gehörte zu den Gründungsprofessoren des Biozentrums, war zwei Jahre Obmann des Instituts und Dekan der Naturwissenschaftlichen Fakultät. Nach seiner Emeritierung arbeitete er mehrmals im Jahr als Gastwissenschaftler am Shriners Hospital for Children in Portland, Oregon. 
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