Josef Pfeilschifter studierte Medizin in Regensburg und München und promovierte 1982 an der Technischen Universität München. Anschliessend arbeitete er als wissenschaftlicher Assistent am Physiologischen Institut der Universität Regensburg sowie der Universität Zürich. 1987 wechselte Pfeilschifter in die Pharmaforschung zur Ciba-Geigy AG in Basel. 1990 habilitierte er sich an der Universität Basel bei Prof. Dr. U. A. Meyer und Prof. Dr. P. Walter und forschte anschliessend als Professor für Pharmakologie und Toxikologie am Biozentrum. 1996 folgte Josef Pfeilschifter einem Ruf an die Universität Frankfurt. Seither ist er Professor und Direktor des Instituts für Allgemeine Pharmakologie und Toxikologie der Goethe-Universität Frankfurt am Main und forscht auf den Gebieten Krebs, Wundheilung, akute und chronische Entzündung, Signaltransduktion sowie Erkrankungen der Haut und der Niere. 2004 wurde Pfeilschifter als Mitglied in die Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina aufgenommen.