Peter Philippsen kam erstmals 1978 als Assistenzprofessor ans Biozentrum. Zuvor hatte er nach seiner Promotion in Biochemie mehrere Forschungsjahre in München und Stanford verbracht. 1986 folgte er einem Ruf an die Universität Giessen, wo er unter anderem als einer der Initiatoren auf dem Forschungsgebiet der Hefe-Genetik an der Sequenzierung des Hefegenoms mitwirkte. 1991 kehrte er zurück nach Basel. Bis zu seiner Emeritierung 2011 war er am Biozentrum als Professor für Mikrobiologie tätig. In seiner Forschungsarbeit beschäftigte er sich mit der Evolution von biologischen Systemen am Beispiel von Hefe und filamentösen Pilzen. In der Lehre machte er sich mit der Durchführung des trinationalen Studiengangs Biotechnologie sehr verdient.