Ueli Aebi war von 1986 bis 2011 Professor für Strukturbiologie am Biozentrum. Er war Direktor des Maurice E. Müller Instituts für Strukturbiologie und Mitglied des Swiss Nanoscience Institute und des NCCR Nanoscale Science. Er ist Mitglied mehrerer Berufsgesellschaften, so auch der EMBO und der Academia Europaea. Er ist Träger der Gregor-Mendel-Medaille der Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik, des Arne Engström und Carl Zeiss Lecture Award und Dr. h.c. der Karls-Universität Prag.